特膳食品代加工有诸多关键技术。准确的营养调配是很重要的，需依据不同特殊人群需求，如、婴幼儿等，计算蛋白质、碳水化合物等营养素比例，确保科学合理。食品干燥技术很关键，既要保留营养成分，又要实现良好的复水性，像真空冷冻干燥。

难点也不少，原料质量把控难，特膳食品原料要求高，需严格筛选无过敏原、重金属合格原料。生产过程无菌要求很高，以防止微生物污染，否则易引发食品安全问题。还有口味调配挑战大，既要满足营养，又要让特殊人群接受，在不添加过多添加剂前提下改善口感是一大难点。